Seit über 70 Jahren ist das Fischerhaus Alexandrinenstraße 31 Domizil des Heimatmuseums Warnemünde.
Am 12. Februar 1914 wurde auf einer Sitzung des "Plattdeutschen Vereins" in Warnemünde angeregt:
"Der Verein möge die Sammlung aller geschichtlich und kulturgeschichtlich wichtigen Sachen betreiben. Es ist hohe Zeit, daß man jetzt damit anfängt. Von Händlern wird ungemein viel weggeschleppt."
Der Fischer H. Holtfreter stellte eine Sammlung von Fischereiarbeitsgeräten zur Verfügung. Andere brachten, was sie bei sich zu Hause entdeckten und für sammlungswürdig hielten. Bald hatte das Museum mehrere hundert Exponate in seinem Besitz.
Es hat fast 20 Jahre gedauert, bis der Plattdeutsche Verein von Warnemünde und Umgebung ein Fischerhaus wie das Haus der Putzmacherin Christine Jungmann erhielt.
Bis zu diesem Zeitpunkt war die Sammlung im Obergeschoss der Fritz-Reuter-Schule untergebracht.

Im Januar 1933 beschloss der Plattdeutsche Verein auf Antrag der ehrenamtlichen Museumsleitung einstimmig, einen Unterstützungsverein für die Museumsarbeit ins Leben zu rufen. So entstand der Museumsverein Warnemünde, der bis zum Mai 1933 bereits 75 Mitglieder zählte.
Die Grundstruktur des Hauses ist nicht wesentlich verändert worden. Die vorderen drei Räume wurden als Wohn- und Schlafräume gezeigt. Die Kochmaschine in der Küche am Ende der Diele wurde durch einen gemauerten Herd, analog dem alten Herd im Altenteil, ersetzt. In den Räumen des Altenteils hinter der vorderen Küche befanden sich ein Archiv und der Schiffsraum. Es folgte die Altenteilküche, in der noch der alte Steinherd von 1767 vorhanden war.
Am 1. Juli 1933 wurde das Heimatmuseum im Rahmen des "Warnmünner Heimatdaag" feierlich eröffnet. Nachmittags um vier Uhr übergab Herr Stadtrat Dr. Wienke das Museum an den Museumsverein und den Schlüssel an den Museumsverwahrer Herrn J. Gosselck.
Im Eröffnungsjahr 1933 erhielt das Museum einen Zuwachs von 110 Exponaten. Damit konnte man mit dem systematischen Aufbau der Museumsräume beginnen. Manches gestiftete Stück fand keinen Ausstellungsplatz.
Um die Räume nicht zu überfüllen, wurden Archivalien, Bilder, Karten und Bücher in einem besonderen Raum untergebracht. Aus Platzgründen musste man auf Räumlichkeiten in der damals benachbarten Museumsklause zurückgreifen.
So manches Stück verschwand so in den "Museumskatakomben" und während des Zweiten Weltkrieges für immer, denn bereits 1940 musste Johannes Gosselck ein Verzeichnis aller Metallgegenstände auflisten, untergliedert nach
A. = Altertumswert
M. = Museumswert
K. = Kulturwert,
da sie als Waffenrohstoff interessant waren.
Nach dem Zweiten Weltkrieg wurde das Heimatmuseum dem Museum der Stadt Rostock, dem späteren Kulturhistorischen Museum Rostock, angegliedert.
Durch die Abteilung Volksbildung beim Rat der Stadt Rostock erfolgte 1950 eine Auflistung des gesamten Inventars und des vorhandenen Kulturgutes, leider ohne Katalogisierung und Inventarisierung.
Anfang der 1970er Jahre hatte das Haus einen bautechnisch bedrohlichen Zustand erreicht, so dass man den Maurermeister und Bauingenieur Walter Schoof beauftragte, den Zustand einzuschätzen. Diese Zustandsbeschreibung lässt darauf schließen, dass das Haus bis auf wenige Detailveränderungen noch so aussah, wie es 1933 als Museumsbau eröffnet wurde.
Träger des Museums wurde 1976 das Schifffahrtsmuseum Rostock, das am 1. Juli 1979 nach einer umfangreichen Entkernung das Museum wieder eröffnete. Leider verlor das Fischerhaus von 1767 seine innere alte Bausubstanz.
1986 kamen vier Ausstellungsräume im Haus Alexandrinenstraße 30 dazu.
Die kontinuierliche Aufarbeitung der Sammlung begann 1979. Bis dahin erfolgte eine sporadische Registrierung der Bestände. Viele ältere Schenkungen sind deshalb einem entsprechenden Stifter schwer zuzuordnen.
Seit 1994 ist das Heimatmuseum Warnemünde eine eigenständige Einrichtung innerhalb der Städtischen Museen.
Im Ergebnis eines Bürgerschaftsbeschlusses wurde ein neuer Träger für das Museum gesucht und gefunden, so dass ab 01.01.2005 der Museumsverein Warnemünde e.V. die Trägerschaft übernommen hat.